В 1827 году Абрахам Брауэр открыл первый транспортный маршрут – 12-местный дилижанс «Аккомодейшн», который курсировал вдоль Бродвея, от Бэттери-парка  до Бликер-стрит и стал первым общественным средством передвижения в Нью Йорке.
В 1831 году компания Брауэра организовала в городе ещё два маршрута: «Сошиэбл» и «Омнибус». А в следующем году Джордж Мейсон создал Нью-Йоркскую и Харлемскую железную дорогу с вагонами на металлической оси и колёсах и рельсами из металла – так называемую “конку” (вагоны на конной тяге). К 1855 году по 27-ми маршрутам в Манхэттене уже курсировали 593 омнибуса, а вагоны на конной тяге ходили по 3-й, 4-й, 6-й и 8-й авеню. Весь общественный транспорт в Нью-Йорке до 1931 года развивался и управлялся частными компаниями.
К концу века стали появляться электрические вагоны, которые вскоре заменили лошадей. Также в 20-х годах работали троллейбусные линии, обслуживая район Статен-Айленда и, начиная с 1930 года, -  как составная часть наземного транспорта Бруклина. 13 июля 1907 г. автобусная компания «Пятая Авеню» открыла пассажирское сообщение между Вашингтон Сквер и 90-й Стрит автобусами, работающими на бензине, а также открытыми двухэтажными автобусами. В 1956- трамваи, и  в 1960 году -  троллейбусы были полностью заменены автобусами.
Первая городская надземная железная дорога была пущена в эксплуатацию 14 февраля 1870 года.  Поезд Е1 проходил по Гринвич Стрит и 9-й авеню в Манхэттене. Надземная железная дорога расширилась и в течение нескольких десятилетий была главным средством быстрого передвижения в пределах города.
Прообразом современного метро стал туннель длиной в 312 футов, созданный Альфредом И. Бичем.  Он проходил под нижним Бродвеем, поезда курсировали с 1870 по 1873 год. Этот метрополитен, по сути, являлся гигантской пневматической трубой, где поезд приводился в движение давлением воздуха, которое создавалось гигантскими вентиляторами.
24 сентября 1883 года была открыта железная дорога современного типа между Парк Роу, Нью-Йорком и Сандс Стрит в Бруклине (закрыта в 1944 году).
27 октября 1904 года в Манхэттене открыли первое подземное сообщение. МСТ (прообраз МТА) осуществлял управление подземной линией метро протяженностью в 9,1 милю и состоящей из 28 станций, начиная с Сити Холл и кончая 145 Стрит и Бродвеем.
В 1932 году Городская Транспортная Комиссия завершила строительство линии 8-й Авеню и организовала НТЖД (Независимую Транзитную железную дорогу), первое городское подземное сообщение. Когда город в 1940 году приобрёл БМТ и МСТ, городское управление стало единственным владельцем и управляющим всего Нью-Йоркского метро и надземных линий.
Кроме автобусных и трамвайных маршрутов в конце 1940х годов город приобрёл ещё 3 автобусные компании, которые осуществляли движение в Квинсе и Статен -йленде.
11 сентября 1966 г. в распоряжение города поступили первые 682 автобуса, оснащённые кондиционерами. А 19 июля 1967 г. первый  поезд с кондиционерами, состоящий из десяти вагонов R38, вступает эксплуатацию на линии F.
1 марта 1968 г. согласно постановлению штата Нью-Йорк создаётся МТА для осуществления надзора за движением транспорта. МТА становится головным Управлением Нью-Йоркского транспорта.
С 8 марта 1995 г. автобусы Нью-Йоркской транспортной системы становятся на 100 % доступными для пассажиров-инвалидов.
11 сентября 2001 г., в день катастрофы Всемирного Торгового Центра, транспортное управление Нью-Йорка направило 3500 работников и тяжёлое оборудование на Граунд Зиро в течение нескольких часов после трагедии. Автобусы доставляли людей в безопасные места для оказания им медицинской помощи. Компания Скоростных Транзитных Перевозок  и персонал Отдела Планирования Перевозок разработали операцию по постепенному восстановлению движения на линиях метро.
27 октября 2004 г. Нью-Йорк отметил 100-летие со дня открытия метро в 1904 году. Сотрудники метрополитена, одетые в костюмы начала 20-го века, приветствовали народ в Парке Сити Холл, а струнный квартет  исполнял мелодии того времени. Мэр Нью-Йорка  Майкл Блумберг назвал метро «лучшим в мире» и провозгласил 27 октября 2004 года «Днём Столетия Метро».